Ngày 11 tháng 8 năm 1863, triều đình Norodom ở Chân Lạp ký một hiệp ước với thực dân Pháp để thành lập một chính quyền bảo hộ trên toàn vương quốc. Lập tức họ gặp phải sự chống đối quyết liệt của người dân trong nước. Người đầu tiên làm cuộc nổi dậy là hoàng thân Xivôtha (con vua Ang Duông); và người thứ hai là Acha Xoa (hay A Soa), mà sử Nguyễn gọi là Ong Bướm.

Theo sách Lịch sử Campuchia thì thủ lĩnh Acha Xoa không phải là một hoàng thân như Ă. Sivotha, mà chỉ là một người nô lệ. Để việc vận động quần chúng được thuận lợi, ông đã tự xưng là "người trời", là "hoàng thân Angphim" (con của cựu phó vương AngEm)[2]. Tuy nhiên, nhóm Nhân Văn Trẻ thì cho rằng Acha Xoa là con của quốc vương, vì tranh chấp vương quyền với anh là Ong Lằn, và còn vì không chịu sự cai trị của Pháp, nên đã sang Thất Sơn mộ dân lập đồn đánh nhau với anh và với Pháp [3].

Thoạt tiên, Acha Xoa hoạt động ở vùng Angco và Baphuon, nhưng sau đó ông dời sang vùng biên giới Châu Đốc-Hà Tiên, nơi có đông đảo người Khmer cư trú, để lập căn cứ kháng chiến lâu dài. Được Thủ Khoa Huân đến cộng tác, nên phong trào ngày càng lớn mạnh. Năm 1864, lực lượng Acha Xoa đánh chiếm được tỉnh Paknhum, tỉnh Campốt và tiến gần tới thủ đô Phnôm Pênh.

Lo ngại, thực dân Pháp liền yêu cầu triều đình nhà Nguyễn phải tìm bắt thủ lĩnh và giải tán nghĩa quân cho họ (vì lúc này ba tỉnh miền Tây Nam Kỳ vẫn thuộc nhà Nguyễn).

Vụ Thủ Khoa Huân

GS. Nguyễn Văn Hầu kể:

Sau khi Đô đốc Nam Kỳ là de la Grandière biết tin Thủ Khoa Huân lẫn trốn ở Thất Sơn, viên sĩ quan Pháp này buộc Tổng đốc An Giang (chỉ Phan Khắc Thận) phải bắt ông Huân, giao cho họ làm tội. Tổng đốc An Giang không thuận. Tức thời, Doudart de Lagrée được lệnh đem 500 quân cùng đại bác từ Oudong (Chân Lạp) xuống huy hiếp thành An Giang. Trước áp lực đó, Tổng đốc An Giang đành nhượng bộ [4].

Trong quyển Bài ngoại mậu kiến liệt truyện có đoạn viết:

Tháng Sáu năm Giáp Tý (1864), quan tỉnh An Giang bắt được Nguyễn Hữu Huân... Lúc bấy giờ có quan Án sát Phạm Hoàng Đạt hay tin liền tâu với triều đình xin tha tội cho Nguyễn Hữu Huân. Nhà vua được tờ tâu, hạ chiếu cho quan tỉnh An Giang giải Nguyễn Hữu Huân về kinh đô chờ xét xử. Than ôi! Chiếu chỉ chưa đến nơi thì quan tỉnh đã đem Nguyễn Hữu Huân nộp cho chính quyền Pháp để khỏi sinh rắc rối rồi[5].

Vụ Acha Xoa

Sách Lịch sử Việt Nam (1858-cuối thế kỷ 19), chép:

Thực dân Pháp vừa ra lệnh cho triều đình Tự Đức phải bắt Acha Xoa giao nộp, vừa cho mua chuộc dụ dỗ tay sai để ám hại hoàng thân. Quan triều ở ba tỉnh miền Tây còn đang kẻ chịu người không đi lùng bắt, thì hoàng thân đã bị kẻ phản bội (vốn là thuộc hạ) bắn trọng thương[6].

Sau đó, theo sử nhà Nguyễn thì:

Tháng Sáu năm Bính Dần (tháng 7 năm 1866), Tổng đốc An Hà bị cách là Phan Khắc Thận đánh úp Ong Bướm ở núi Tốn thuộc An Giang, bắt được tên thổ mục (chỉ Acha Xoa) cùng lọng súng ngựa voi... giải giao cho chủ súy Pháp, trong khi đi đường gặp Nguyễn Hữu Cơ, Hữu Cơ bảo đem trở lại, nhưng Tổng đốc Trương Văn Uyển[7] sợ sinh ra trở ngại khác, nên hai ba lần giục, (Khắc Thận) bèn giải giao cho Pháp [8].

Tất cả cho thấy Phan Khắc Thận đã bị sức ép không nhỏ của Pháp và của Huế trong việc bắt giao hai vị thủ lĩnh trên (sau đó cả hai đều bị Pháp đưa đi đầy biệt xứ)[9]. Đồng thời qua đó còn cho thấy thái độ "lúng túng" của các quan lại địa phương (trong đó có Tổng đốc Thận) đối với chủ trương chuyển từ "chiến" sang sang "hòa" với Pháp của triều đình Tự Đức[10].